Sebagaimana umumnya dalam hukum Indonesia, BBJ dijalankan dengan sistem 2 dewan, yaitu: Dewan Komisaris dan Direksi. Sebagai tambahan dari ketentuan ini, UU Perdagangan Berjangka No. 32 Tahun 1997 menyebutkan bahwa sedikitnya seorang anggota Dewan Komisaris mewakili masyarakat dan semua Direktur adalah professional yang bekerja penuh waktu. Baik anggota Dewan Komisaris maupun Direksi harus lulus Tes Kepatutan dan Kelayakan yang dilaksanakan oleh Badan Pengawas Perdagangan Berjangka Komoditi (Bappebti).
Saat ini, manajemen sehari-hari dijalankan oleh Direksi di mana masing-masing dari mereka mengawasi tiga dari 6 divisi yang ada sebagaimana dapat dilihat dalam bagan organisasi terlampir.
Dewan Komisaris (per Juli 2010)
Komisaris Utama : Arifin Lumban Gaol
Anggota : Hassan Widjaja
Anggota : Yazid Kanca Surya
Anggota : Kristanto Nugroho
Dewan Direksi (per Juli 2010)
Direktur Utama : Made Sukarwo
Direktur : Roy Hendra Michael Sembel
Direktur : M Bihar Sakti Wibowo
Struktur Keanggotaan Bursa Berjangka Jakarta
Anggota BBJ terdiri dari 4 kategori:
Anggota Bursa tidak harus menjadi pemegang saham Bursa. Saat ini hanya pemegang saham pendiri yang menjadi pemegang saham Bursa dan hanya mereka yang berhak mengangkat Dewan Komisaris dan Direksi. Para pemegang saham tersebut secara otomatis menjadi Anggota Bursa.
Anggota Bursa tidak secara otomatis mempunyai akses ke Sistem Perdagangan Bursa (JAFeTS). Untuk dapat mengakses JAFeTS, Anggota Bursa harus membeli seat sebagai Perpetual Bond yang dikeluarkan oleh Bursa tanpa nilai nominal dan tanpa bunga. Kepemilikan (dengan cara membeli atau menyewa) seat memberi hak kepada Anggota Bursa untuk mengakses JAFeTS.
Seat dapat dibeli dari Bursa atau dari Anggota Bursa yang menjual seat tersebut di pasar sekunder, dengan prosedur sesuai Peraturan dan Tata Tertib Bursa. Transaksi jual beli seat di pasar sekunder dilakukan melalui suatu sistem penyepadanan harga penawaran dan permintaan, yang diselenggarakan oleh Bursa.
Jual beli ataupun sewa menyewa seat harus dilakukan dengan persetujuan Bursa dan sesuai dengan ketentuan Peraturan dan Tata Tertib Bursa.
